Además de su labor de investigación y difusión, el Instituto se ha preocupado por colaborar en tareas de docencia y en la formación de recursos humanos. Todos sus profesores, casi sin excepción, han impartido o imparten cursos y seminarios en las Facultades de Historia, Economía y Filosofía de la propia Universidad, y muchos de ellos han colaborado como docentes y tutores en distintos programas de licenciatura y posgrado en universidades del país y del extranjero.
El Instituto cuenta, por su parte, con tres posgrados, inscritos en el Programa Nacional de Posgrados de Calidad del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología:
La Maestría en Historia con opciones de especialización en Historia de América e Historia de México, con el nivel de “Competencia Internacional”.
La Maestría en Enseñanza de la Historia, con el nivel “Consolidado".
El Programa Institucional de Doctorado en Historia, con nivel de "Competencia Internacional".