El Instituto de Investigaciones Históricas, desde su fundación en 1987, ha desarrollado una importante labor de investigación, docencia y difusión de la cultura en el campo de la Historia y las Ciencias Sociales. Sus 25 profesores-investigadores se encuentran agrupados en cinco Cuerpos Académicos, en el seno de los cuales cultivan las siguientes líneas de investigación: Historia de las Relaciones Internacionales, Historia Intelectual y Cultural, Historia Económica y Social, Historia Regional y Geografía Histórica, Historiografía y Teoría de la Historia, Historia de la Ciencia y la Tecnología, Ideas, Instituciones y Procesos Políticos; todas ellas referidas particularmente a México y América Latina en los siglos XVIII, XIX y XX. 

Estas líneas han orientado la realización de un importante número de proyectos de investigación, que han recibido apoyos financieros de organismos locales, nacionales e internacionales, cuyos frutos se han expresado en la publicación de una considerable cantidad de libros y obras de historia que rebasa el centenar de títulos, varios de los cuales han sido coeditados con editoriales e instituciones nacionales y extranjeras de prestigio. Asimismo, se ha sostenido una revista científica, Tzintzun. Revista de Estudios Históricos, inscrita en el Padrón de Revistas de Calidad del CONACYT, que ha llegado ya a su número 74. 

De igual manera, el Instituto se ha preocupado por colaborar en tareas de docencia y en la formación de recursos humanos. Todos sus profesores, casi sin excepción, han impartido o imparten cursos y seminarios en las Facultades de Historia, Economía y Filosofía de la propia Universidad, y muchos de ellos han colaborado como docentes y tutores en distintos programas de licenciatura y posgrado de otras universidades del país y del extranjero. El Instituto cuenta, por su parte, con tres posgrados, inscritos en el PNPC del CONACYT: la Maestría en Historia, la Maestría en Enseñanza de la Historia y el Doctorado en Historia.